巴东县林业局现有公务员14人，工勤人员2人，事业人员149人。局机关设办公室、政工股（挂监察室牌子）、植树造林股（挂县绿化委员会办公室牌子）、计划财务内审股、资源林政管理股、森林公安股（挂县护林防火指挥部办公室牌子）、野生动植物保护股等七个股（室）。

    巴东县林业局下设巴东县森林公安分局、巴东县森林公安分局葛州坝库区派出所、巴东县森林公安分局铁厂荒派出所、巴东县森林公安分局广东垭派出所、巴东县森林公安分局三峡林场派出所、巴东县林业技术推广站、巴东县天然林保护工程办公室、巴东县退耕还林工程办公室、巴东县林木种子站、巴东县马鹿池木材检查站、巴东县柳树坪木材检查站、巴东县林业勘察设计队、巴东县野生动植物保护站、巴东县林政稽查大队、巴东县林权登记管理中心、国有巴山林场和巴东县林业局信陵林业管理站等12个林业管理站共计28个事业单位。