巴东县交通局为主管全县公路和水路交通行业的县政府工作部门。内设办公室、工程计划股、财务审计股、安全运输股、法制监察股和行政许可股五股一室。下辖一个正科级和四个副科级事业单位，分别是县公路段、县道路运输管理所、县港航管理所、县交通基本建设质量监督站和县交通规费征收稽查所。因铁路和高速公路建设需要，分别设立宜万铁路、沪蓉西高速公路和宜巴高速公路建设协调办公室。主要职责是：贯彻国家、省、州、县有关交通的方针、政策和法律法规；组织制定全县公路和水路交通行业的发展规划、发展计划并实施；负责全县道路和水路旅客运输、货物运输、装卸搬运、城市出租车、车船维修检测等行业管理；负责全县公路和水路交通基础设施的建设、养护、管理和交通规费征收等。全系统干部职工405名，其中交通局41名（在职公务员20名、事业1名、工人2名，离退休10名，借调2名，聘用6名），公路段272名，运管所46名（在职33名，离退休13名）,港航所18名（省编10名，县招考4名，临时用工4名），质监站13名（在编8名，聘用5名），征稽所15名。