因为新七大奇迹的评选完全依靠网民投票，虽然前后共有1亿左右的投票量，但仍然不能反映非网友的评价。此外整个评选过程被认为充斥着“商业味”，批评者的理由是：透过网上投票，每台电脑只能投一票，而透过购买纪念品等方法不限制投票数量，而且其揭晓仪式的入场券收入也是重要资金来源。[5]
埃及的评论把这次评选，视作挑战吉萨金字塔作为唯一保存下来的古代世界七大奇迹的地位。评论员Al-Sayed al-Naggar在一份主要的国有报章的社论写道：“这很可能是针对埃及的阴谋，打击它的文化和古迹。”埃及文化部长Farouq Hosni批评这项活动“荒唐”，又指发起人韦伯“最关心的是自我宣传”。埃及研究世界遗产专家Nagib Amin指出：“这项投票除了有商业味，更是没有科学根据。”[6]
受埃及指责后，基金会授予吉萨金字塔特殊地位，从候选名单中去除。网站的通知表示：“新七大奇迹基金会将吉萨金字塔，就是唯一尚存的古代世界奇迹，指定为新七大奇迹的荣誉候选项目，并从候选名单中去除。”
联合国教科文组织发表声明，与新七奇迹划清界线，指投票结果与世界遗产完全无关，仅是反映投票网友的意见，对古迹维护和保存并没有实际意义。在一份2007年6月20日的新闻稿中，再次证实它和这项评选没有任何关连[7]。新闻稿的其中一段说：“韦伯先生的媒体宣传活动，与联合国教科文组织借由编录世界遗产列表进行的科学和教育工作，完全没有相似点。世界新七大奇迹名单，是一项私人活动的结果，只反映能连上网络的人的意见，而不是整个世界的意见。这次活动的开展，不能以任何显著和持续的方式，协助维护公众选出的古迹。”
教廷亦不满名单上没有原基督宗教盛行地欧洲的基督教古迹（虽然圣苏菲亚大教堂原来是教堂建筑，但在1453年以后被改为清真寺，而基督教的祈祷仪式在那里是被禁止的，而里约热内卢基督像位于南美洲）[8][9]
在新七大奇迹公布后，有很多人庆祝，但也有不少人感到愤怒，认为其国家的重要古迹遭不公平评选贬低了。一名知名的美籍柬埔寨作家Oudam Em，对柬埔寨传奇建筑吴哥窟的落选感到强烈不满，他表示吴哥窟“无论比规模，比辉煌，比建筑的精密，都明显地把很多选上的遗迹远远比下去。”他续说：“世上如果真的有第八大奇迹，却不是吴哥窟的话，那就只因为这壮丽的古迹没有获选上七大奇迹。”[10]
复活节岛摩艾石像的智利代表Alberto Hotus称，主办者韦伯致信表示，摩艾石像总得票排第八位，论“良心”是列在新七大奇迹的。Hotus说他是唯一接到主办单位道歉的参与代表。[11]