随着畜牧业的发展，各种各样的现代化养殖场相继出现。如何搞好防疫工作，已成为所有养殖场中最主要的问题，疫病一旦发生，将严重影响畜牧业的发展，造成巨大的经济损失。因此，原种场对疫病的控制和预防，应采取一定的措施和制定相应的准则和标准，以保证种畜禽的沿续和质量的稳定提高。另外，还应严格贯彻国务院颁发的《家畜家禽防疫条例》，预防畜禽传染病的发生和传播。
1、建立完善的防疫制度
防疫工作是一项复杂的系统工程，它涉及从生产到销售，从场内到场外，到全场的工作人员，自始至终贯穿整场,与之息息相关。因此，必须把防疫工作纳入正常的管理，由兽医人员监督执行的全体人员参加的全防体系。把防疫原则，制度贯穿于每一个环节，严格规程操作，才可避免疫病的发生，防疫制度才能得到确实的落实。如建立：
1）科学的程序消毒，这是切断传播途径的重要措施，目有在于杀灭外界环境中存在的各种病原体。
2）人员进出登记工作和洗澡更衣记录。
3）全进全出制。
2、制定科学的免疫程序，按时进行预防接种。
免疫接种是提高机体特异性抵抗力，降低动物易感性的重要措施。但是，如果运用不当，常会收到不满意的效果。为此，要注意：
1）制定周密的免疫接种计划。接种各种疫苗需经一定时间才能产生坚强的免疫力，故应根据各种传染病的发病季节，做好相应的免种计划，按规定程接种。
2）要有科学的免疫程序。
畜禽在身体状况不良时，不能进行接种。有些母源抗体也可以影响和干扰抗体的滴度，甚至完全抑制抗体的产生。为了防止此种现象的发生，对某些传染病应进行母源抗体的监测，如无条件，可根据经验确定初次免疫时间。
3）综合防疫重在预防
传染病虽然由传染源、传播途径、方式和易感动物组成，但影响疫病流行的因素却是多方面的，所以必须采取多方面的综合防疫措施，消灭一切不利因素，坚持自繁自养的原则，既有利于畜禽的饲养，又可避免购买畜禽时带进各种传染病，如需要从外单位引种时，应做到不以疫区购买，但买入后要隔离检疫1~2日，确认健康无病，方可与原来的动物混饲。从国外引进优良品种时，除加强口岸检疫外，入场前还应隔离检疫，发现病畜禽时，应立即严格处理。防疫工作是预防疾病的重要措施，任何人都应自觉执行和遵守防疫制度，才能拒疫病于场外，保证畜禽正常生长，万无一失。
3、传染病的防制措施
1）搞好饲养管理，增强个体的抗病能力。
加强饲养管理，严格遵守原则，不喂发霉变质饲料，不饮污水和冰冻水，使羊膘肥体壮，提高个体的抗病能力。
2）搞好环境卫生，圈舍做好消毒工作。
圈养羊应保持圈舍、场地和用具的卫生。经常清扫圈舍，对粪便、尿等污物集中堆积发酵30天左右。同时定期用消毒药（如：百毒杀、易克林惠昌消毒液等高效低毒药物）对圈舍场地进行消毒，防止疾病的传播。
3）有计划地搞好免疫接种工作。
对羊群进行免疫接种，是预防和控制羊传染病的重要措施。目前预防羊主要传染病的疫苗有以下几种：
（1）无毒炭疽芽胞苗
用于预防羊炭疽。绵羊皮下注射0.5毫升，注射后14天产生坚强免疫力，免疫期一年。（此苗不能用于山羊）
（2）破伤风明矾沉降类霉素
用于预防破伤风。羊颈部皮下注射0.5毫升，1个月后产生免疫力，免疫期1年，第二年再注射1次，免疫期可持续4年。
（3）绵、山羊痘弱毒冻干苗
用于预防绵、山羊痘。按瓶签上的头数应用，每头份用0.5毫升生理盐水稀释；每只羊皮内注射0.5毫升（不论大小瘦弱、怀孕均可同量）。注射后5~8天肿胀，硬结，5~10天逐渐消失。注射后4~6天可产生坚强免疫力，免疫期1年。
（4）羊快疫、猝疽、肠毒血症（羔羊痢疾）三联四防苗
用于预防羊快疫、猝疽、肠毒血症和羔羊痢疾。干粉苗：用20％铝胶盐水溶解不论羊龄大小均皮下或肌肉注射1毫升，14天产生免疫力，免疫期1年。湿苗（又称羊四联苗）：应用前摇匀后每只皮下或肌肉注射5毫升，免疫期6个月。
（5）O型口蹄疫灭活疫苗
用于预防羊O型口蹄疫。肌肉注射：成年羊每只2毫升，羔羊每只1毫升。注射后15天产生免疫力，免疫期4个月。注射后出现不良反应用肾上腺素救治。
免疫接种对体质健壮的成羊会产生很强的免疫力，对幼羊、体弱或患慢性疾病的羊效果不佳。而对于怀孕母羊，特别是临产前的母羊，接种时由于驱赶、捕捉和疫苗反应等有时会引起流产、早产，影响胎儿发育和免疫效果不佳。应该注意，对于疾病威胁区不应考虑上述结果，为确保羊群健康，应紧急预防，接种疫苗。
4、发生传染病时应采取措施
羊群发生传染病后，应立即进行隔离、封锁，逐级上报畜牧兽医部门，由市、县级兽医部门确诊，按国家《动物防疫法》做无毒化处理。